COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 21.025890
2021-03-15 17:00:00 25.538642 25.538642 20.875321
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.693337
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.536714
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 20.340267
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 20.213346
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 20.005871

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 16.081001
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 15.837991
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 15.769610
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 15.892855
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 15.927848
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.203797
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.522600

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 15.656924
2021-03-15 17:00:00 15.914489 8.395990 15.667443
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 15.715512
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 15.785766
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 15.856852
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 15.943320
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 15.982929

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 11.161145
2021-03-15 17:00:00 12.971985 8.758224 10.669664
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 10.524603
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 10.403511
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 10.237054
2021-03-11 17:00:00 12.861137 11.307566 10.063584
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 9.889984

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 19.486790
2021-03-15 17:00:00 25.372303 25.372303 19.369481
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 19.063345
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 18.989770
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 18.790917
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 18.600328
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 18.356875

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 45.179975 30.806122 38.238088
2021-03-15 17:00:00 69.031311 40.022692 38.501930
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 38.625493
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 38.953329
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 39.148988
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 38.850000
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 38.630983

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 21.867900
2021-03-15 17:00:00 25.945241 25.945241 21.951738
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.923068
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.859329
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.771991
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.601504
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.460017

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 7.731728
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.127610 7.605074
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.558556
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.476161
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.412113
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.408662
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.373824

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 12.389620
2021-03-15 17:00:00 18.701700 9.215537 12.129689
2021-03-14 17:00:00 15.696822 15.696822 12.183666
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 12.088982
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 12.081776
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.149434
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.182124

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 35.188898
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.931834
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.709195
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.623247
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 34.390247
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 34.125010
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 33.888175

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 18.410102
2021-03-15 17:00:00 33.173461 11.438809 18.678569
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 19.052179
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 19.176018
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 19.422648
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 19.698904
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 19.647448

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 3.564356 3.564356 7.784087
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.442529 7.980915
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 8.142003
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 8.245259
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 8.781547
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 8.920860
2021-03-10 17:00:00 6.762468 10.702341 9.070968

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 61.642907
2021-03-15 17:00:00 22.413793 67.829457 61.558285
2021-03-14 17:00:00 52.551020 52.551020 58.891731
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 61.079591
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 61.308280
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 61.073857
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 61.664532

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 56.161011
2021-03-15 17:00:00 28.260870 28.260870 58.827167
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 59.668729
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 60.110912
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 60.651960
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 61.156711
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 60.956663

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 19.210946
2021-03-15 17:00:00 37.174563 16.968634 18.957859
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.544041 19.138313
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 19.170493
2021-03-12 17:00:00 28.531073 19.929866 19.441983
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.040122
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.253561

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 18.383673 18.383673 25.364151
2021-03-15 17:00:00 24.791956 26.313993 26.167398
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.622928 26.931501
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 27.397531
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 27.734798
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 28.202025
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 28.502752

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 4.533013
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.571429 4.479139
2021-03-14 17:00:00 6.406080 6.406080 4.491985
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.465749
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.409260
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.389114
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 4.355215

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.038903
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.021537
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.033449
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.039436
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.004535
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 12.974108
2021-03-10 17:00:00 13.587488 13.587488 12.867594

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 13.289993 13.289993 11.272619
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.243478 11.153228
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 11.022151
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 10.897837
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.760728
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.622750
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 10.455224

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 21.454271
2021-03-15 17:00:00 43.708609 7.300885 22.163068
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 22.729137
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 23.300520
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 24.016947
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 24.625145
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 25.083965

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 14.660042
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 15.135932
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 14.037343
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 12.980019
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 12.668594
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 12.195904
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 11.528258

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 28.918106
2021-03-15 17:00:00 26.791972 26.791972 29.947497
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 30.336398
2021-03-13 17:00:00 35.537300 21.028223 30.534413
2021-03-12 17:00:00 34.810811 34.810811 30.968335
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 31.450481
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 31.839143

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.440907 11.440907 16.081001
Basilicata 17.510549 17.510549 15.656924
Calabria 11.811622 11.811622 11.161145
Campania 18.226736 18.226736 19.486790
Emilia-Romagna 45.179975 30.806122 38.238088
Friuli Venezia Giulia 22.414943 22.414943 21.867900
Lazio 7.007443 7.007443 7.731728
Liguria 13.061691 13.061691 12.389620
Lombardia 37.497786 37.497786 35.188898
Marche 15.549677 15.549677 18.410102
Molise 3.564356 3.564356 7.784087
P.A. Bolzano 67.829457 67.829457 61.642907
P.A. Trento 40.860215 40.860215 56.161011
Piemonte 19.542071 19.542071 19.210946
Puglia 18.383673 18.383673 25.364151
Sardegna 3.451289 3.451289 4.533013
Sicilia 12.552477 12.552477 13.038903
Toscana 13.289993 13.289993 11.272619
Umbria 17.588496 17.588496 21.454271
Valle d'Aosta 8.304498 8.304498 14.660042
Veneto 28.162963 28.162963 28.918106

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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